Le SeRC et Intel forment le premier Centre d’Excellence Universitaire OneAPI

En ouverture de la conférence ISC High Performance de cette semaine, le Centre suédois de recherche en e-science (SeRC) est ravi d’annoncer qu’il est le premier Centre d’Excellence Universitaire (COE) OneAPI d’Intel. Le centre utilisera le modèle de programmation hétérogène OneAPI pour accélérer le calcul pour les recherches menées avec GROMACS, ce qui permettra de faire progresser les solutions pour certains des plus grands défis des sciences de la vie dans le monde. Dans le cadre de ces recherches, des simulations HPC massives seront déployées en exploitant les CPU et GPU de plusieurs fournisseurs (Intel, Nvidia, AMD) pour atteindre de nouveaux niveaux d’efficacité et de performance.

GROMACS est un logiciel de dynamique moléculaire utilisé par les chercheurs du monde entier, et l’un des codes phares développés par le SeRC. Il est utilisé pour simuler de grandes biomolécules et permet d’étudier le fonctionnement de molécules telles que les protéines et les lipides au niveau atomique, par exemple lors de la liaison d’autres molécules ou pour concevoir de nouveaux médicaments ciblant par exemple la COVID-19. La simulation couplée au calcul à l’échelle réelle permet aux scientifiques d’avoir une visibilité sans précédent sur les mécanismes moléculaires biologiques et fournit un microscope numérique qui leur permet d’étudier des scénarios de simulations qu’il serait difficile, voire impossible, de tester dans un laboratoire traditionnel. De nombreux processus biologiques étudiés par la dynamique moléculaire (MD) sont à l’échelle de la microseconde. Les intervalles de temps de la dynamique moléculaire sont d’environ une femtoseconde et il faut donc environ 10^9 intervalles de simulation. Pour terminer une simulation en une semaine environ, il faut que chaque étape de simulation soit calculée en moins d’une milliseconde. Cela n’est possible qu’avec une communication très efficace entre CPU et les GPU travaillant ensemble.

Pour y parvenir, les chercheurs du SeRC, de KTH et de SU travaillent en étroite collaboration avec de nombreux groupes universitaires et éducateurs du monde entier, ainsi qu’avec des ingénieurs d’Intel sur les optimisations logicielles de OneAPI.

Selon Erik Lindahl, professeur de biophysique à KTH & SU, « Il est exceptionnellement important pour nous que GROMACS soit capable d’utiliser efficacement tous les supercalculateurs les plus rapides du monde, et les prochaines machines Exascale propulsées par OneAPI permettront de simuler des processus que nous ne pouvions même pas imaginer il y a quelques années, comme par exemple la façon dont un virus se lie aux protéines d’une cellule et l’infecte ».

En tant que centre d’excellence OneAPI, le SeRC ouvrira la voie à l’innovation via les universités et l’industrie en menant des recherches, en créant des applications et des solutions convaincantes basées sur la technologie OneAPI et en dirigeant l’enseignement des principaux résultats sur plusieurs années. « L’avenir du matériel est hétérogène, ce qui rend essentielle l’évolution vers des API portables ouvertes et performantes, et nous sommes particulièrement satisfaits de la façon dont l’écosystème a été étroitement impliqué dès le départ dans le développement et le pilotage de OneAPI », déclare Lindahl.

Les résultats et les meilleures pratiques en matière de développement de logiciels seront partagés avec l’ensemble de la communauté universitaire, et par le biais des engagements universitaires d’Intel avec les meilleurs établissements d’enseignement du monde entier. Intel Corporation a apporté son soutien à cet effort.

« Les recherches en cours du GROMACS par l’université de Stockholm/KTH promettent de nouvelles percées dans la recherche biomoléculaire qui enrichiront et amélioreront la vie des gens dans le monde entier. La collaboration avec OneAPI dans cette entreprise permettra aux développeurs et aux chercheurs d’exploiter efficacement les performances de diverses architectures de calcul avec un modèle de programmation ouvert et unifié », a déclaré Jeff McVeigh, vice-président d’Intel pour les produits et solutions Datacenter XPU.

Source : e-science.se
Traduction : ritme.com