SeRC e Intel formano il primo centro di eccellenza universitario OneAPI

In apertura della Conferenza sulle alte prestazioni di questa settimana, il Centro svedese per la ricerca sulla e-Scienza (SeRC) è entusiasta di annunciare che è il primo centro di eccellenza universitario (COE) di Intel OneAPI. Il centro utilizzerà il modello di programmazione eterogeneo OneAPI per accelerare il calcolo per la ricerca condotta con GROMACS, avanzando soluzioni per alcune delle più grandi sfide delle scienze della vita del mondo. Come parte di questa ricerca, simulazioni HPC massicce saranno implementate sfruttando CPU e GPU di diversi fornitori (Intel, Nvidia, AMD) per raggiungere nuovi livelli di efficienza e prestazioni.

GROMACS è un software di dinamica molecolare usato dai ricercatori di tutto il mondo, e uno dei codici di punta sviluppati dal SeRC. È usato per simulare grandi biomolecole e permette lo studio del funzionamento di molecole come proteine e lipidi a livello atomico, per esempio quando si legano altre molecole o per progettare nuovi farmaci mirati per esempio al COVID-19. La simulazione accoppiata con il calcolo su larga scala dà agli scienziati una visione senza precedenti dei meccanismi molecolari biologici e fornisce un microscopio digitale che permette loro di studiare scenari di simulazione che sarebbero difficili o impossibili da testare in un laboratorio tradizionale. Molti processi biologici studiati dalla dinamica molecolare (MD) sono sulla scala dei microsecondi. Gli intervalli di tempo della dinamica molecolare sono circa un femtosecondo, quindi ci vogliono circa 10^9 intervalli di simulazione. Per completare una simulazione in circa una settimana, ogni passo di simulazione deve essere calcolato in meno di un millisecondo. Questo è possibile solo con una comunicazione molto efficiente tra CPU e GPU che lavorano insieme.

Per raggiungere questo obiettivo, i ricercatori del SeRC, del KTH e della SU stanno lavorando a stretto contatto con molti gruppi accademici ed educatori in tutto il mondo, così come con gli ingegneri di Intel sulle ottimizzazioni software per OneAPI.

Secondo Erik Lindahl, professore di biofisica al KTH & SU, “È eccezionalmente importante per noi che GROMACS sia in grado di utilizzare in modo efficiente tutti i supercomputer più veloci del mondo, e le prossime macchine Exascale alimentate da OneAPI renderanno possibile simulare processi che non potevamo nemmeno immaginare qualche anno fa, come ad esempio come un virus si lega alle proteine in una cellula e la infetta”.

Come OneAPI Center of Excellence, il SeRC aprirà la strada all’innovazione attraverso il mondo accademico e l’industria conducendo ricerche, creando applicazioni e soluzioni interessanti basate sulla tecnologia OneAPI e guidando l’insegnamento dei risultati chiave per più anni.  “Il futuro dell’hardware è eterogeneo, il che rende essenziale muoversi verso API portatili aperte e potenti, e siamo particolarmente soddisfatti del modo in cui l’ecosistema è stato strettamente coinvolto fin dall’inizio nello sviluppo e nella guida di OneAPI,” dice Lindahl.

I risultati e le migliori pratiche nello sviluppo del software saranno condivisi con la più ampia comunità accademica e attraverso gli impegni accademici di Intel con le migliori istituzioni educative in tutto il mondo. Intel Corporation ha dato il suo sostegno a questo sforzo.

“La ricerca GROMACS in corso dell’Università di Stoccolma/KTH promette nuove scoperte nella ricerca biomolecolare che arricchiranno e miglioreranno la vita delle persone in tutto il mondo. La collaborazione con OneAPI in questo sforzo permetterà a sviluppatori e ricercatori di sfruttare in modo efficiente le prestazioni di diverse architetture di calcolo con un modello di programmazione unificato e aperto”, ha detto Jeff McVeigh, vicepresidente di Intel per i prodotti e le soluzioni XPU Datacenter.

Fonte: e-science.se
Traduzione: ritme.com