{"id":24991,"date":"2022-06-21T13:56:54","date_gmt":"2022-06-21T11:56:54","guid":{"rendered":"https:\/\/ritme.com\/intel-oneapi-gromacs-2022\/"},"modified":"2022-06-23T10:57:04","modified_gmt":"2022-06-23T08:57:04","slug":"intel-oneapi-gromacs-2022","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ritme.com\/de\/intel-oneapi-gromacs-2022\/","title":{"rendered":"GROMACS 2022 bringt Open-Source-Wirkstoffforschung mit Intel oneAPI voran"},"content":{"rendered":"\n

GROMACS, beschleunigt durch die offene Intel oneAPI-Programmierung<\/mark><\/a> und Multi-Architektur-Tools, l\u00e4uft auf Intel Xe-Architektur-basierten GPUs mit starker Leistung.<\/strong><\/strong><\/p>\n\n\n\n

Intel setzt sich f\u00fcr die F\u00f6rderung eines offenen \u00d6kosystems ein und leistet technische Beitr\u00e4ge zu vielen Open-Source-Projekten, die direkte Auswirkungen auf die Praxis haben. Ein Beispiel ist GROMACS<\/strong>, ein Molekulardynamik-Paket, das f\u00fcr Simulationen von Proteinen, Lipiden und Nukleins\u00e4uren entwickelt wurde, um neue Arzneimittel zu entwickeln. Das k\u00fcrzlich ver\u00f6ffentlichte GROMACS 2022, das mit SYCL und oneAPI<\/mark><\/a> entwickelt wurde, zeigt eine starke Leistung auf verschiedenen Architekturen, einschlie\u00dflich Intel Xe Architektur-basierten GPUs.<\/p>\n\n\n\n

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“ GROMACS ist eine der am weitesten verbreiteten Open-Source-Molekulardynamik-Anwendungen der Welt, und es ist leicht zu erkennen, warum. Die Simulationen, die wir mit dieser Anwendung durchf\u00fchren k\u00f6nnen, erm\u00f6glichen uns ein besseres Verst\u00e4ndnis von Dingen, die so klein sind wie die Proteine in unserem K\u00f6rper und so gro\u00df wie die Galaxien im Universum.<\/mark><\/strong><\/em>

Vor allem unsere Arbeit mit GROMACS – das mit oneAPI entwickelt und optimiert wurde – erm\u00f6glicht es Intel, an bedeutenden Fortschritten in der Arzneimittelforschung mitzuwirken und die offene Entwicklung von GROMACS auf mehrere Rechnerarchitekturen auszudehnen. Und das alles in Zusammenarbeit mit der Open-Source-Gemeinschaft, die wir so sehr sch\u00e4tzen.\u201d<\/mark><\/strong><\/em><\/p>\n\n\n\n

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– Roland Schulz<\/em><\/strong>, Ingenieur f\u00fcr parallele Software bei Intel<\/strong><\/em><\/mark><\/p>\n<\/div><\/section>\n\n\n\n

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Warum das wichtig ist<\/mark><\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Die molekulardynamischen Simulationen von GROMACS, die von oneAPI unterst\u00fctzt werden, tragen zur Identifizierung wichtiger pharmazeutischer L\u00f6sungen f\u00fcr Krankheiten wie Brustkrebs, COVID-19, Typ-2-Diabetes und andere bei. In der modernen Arzneimittelforschung werden molekulardynamische Simulationen umfassend und erfolgreich eingesetzt. Diese Simulationen liefern den Forschern die strukturellen Informationen \u00fcber Biomakromolek\u00fcle, die sie ben\u00f6tigen, um die Struktur-Funktions-Beziehung zu verstehen, die den Prozess der Arzneimittelentdeckung und -entwicklung leitet. Die Anwendung von Berechnungswerkzeugen wie GROMACS bei der Arzneimittelentdeckung hilft den Forschern, neue Arzneimittel effizienter zu entwerfen und zu bewerten und gleichzeitig die Ressourcen zu schonen.<\/p>\n\n\n\n

Das GROMACS-Forschungs- und Entwicklungsteam an der Universit\u00e4t Stockholm und der K\u00f6niglichen Technischen Hochschule (KTH) unter der Leitung des Biophysik-Professors Erik Lindahl ist federf\u00fchrend bei der Entwicklung des GROMACS-Toolkits f\u00fcr Molekulardynamik, einer der weltweit am h\u00e4ufigsten verwendeten HPC-Anwendungen. Die Molekulardynamik geh\u00f6rt zu den zeitaufw\u00e4ndigsten HPC-Anwendungen, da es sich um ein sehr iteratives, rechenintensives Problem handelt. Da die Berechnungen milliardenfach durchgef\u00fchrt werden, sind Millionen von Codezeilen erforderlich.<\/p>\n\n\n\n

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Wie es funktioniert<\/mark><\/strong><\/h2>\n\n\n\n

oneAPI, ein offenes und einheitliches Programmiermodell f\u00fcr CPUs und Beschleuniger, unterst\u00fctzt die Architekturen verschiedener Hersteller, was Lindahl und seinem Team half, die Unterst\u00fctzung von GROMACS f\u00fcr heterogene Hardware zu erweitern. Dies ist auf die verbesserte Produktivit\u00e4t durch die Verwendung von architektur- und hersteller\u00fcbergreifenden offenen Standards zur\u00fcckzuf\u00fchren. Die auf diesen Standards basierende oneAPI-Programmierung vereinfacht die Softwareentwicklung und bietet Leistung f\u00fcr beschleunigtes Rechnen ohne propriet\u00e4re Programmiersprachen oder Herstellerbindung und erm\u00f6glicht gleichzeitig die Integration von bestehendem Code, einschlie\u00dflich OpenMP.<\/p>\n\n\n\n

Im Rahmen der oneAPI-Optimierungsarbeiten portierte Lindahls Team den CUDA-Code von GROMACS, der nur auf Nvidia-Hardware l\u00e4uft, auf SYCL. Dabei kam das Intel\u00ae DPC++ Compatibility Tool (Teil des Intel\u00ae oneAPI Base Toolkit) zum Einsatz, das in der Regel 90-95 % der Codemigration automatisiert.1,2 Dies erm\u00f6glichte dem Team die Erstellung einer neuen, einzigen portablen Codebasis, die architektur\u00fcbergreifend einsetzbar ist, was die Entwicklung erheblich vereinfacht und Flexibilit\u00e4t f\u00fcr den Einsatz in Umgebungen mit mehreren Architekturen bietet.<\/p>\n\n\n\n

Die beschleunigte Rechenleistung von GROMACS wurde durch Optimierungen unter Verwendung von Intel oneAPI Cross-Architecture Tools wie dem oneAPI DPC++\/C++ Compiler, oneAPI Bibliotheken und HPC Analyse- und Cluster-Tools erm\u00f6glicht. Die oneAPI-Tools befinden sich in der Intel\u00ae DevCloud, einer kostenlosen Umgebung zum Entwickeln und Testen von Code f\u00fcr eine Vielzahl von Intel-Architekturen (CPU, GPU, FPGA).<\/p>\n\n\n\n

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Lesen Sie den vollst\u00e4ndigen Artikel<\/em> : GROMACS 2022 Advances open source drug discovery with oneAPI<\/mark><\/a><\/p>\n\n\n\n

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Quelle : Intel<\/strong><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Erfahren Sie, wie die neueste Version der GROMACS-Software, die mit Intel oneAPI entwickelt und optimiert wurde, bedeutende Fortschritte bei der Entwicklung neuer pharmazeutischer Produkte erm\u00f6glicht.<\/p>\n","protected":false},"author":3370,"featured_media":24992,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"inline_featured_image":false,"_uag_custom_page_level_css":"","footnotes":""},"categories":[46],"tags":[],"class_list":["post-24991","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-labs-solutions"],"acf":[],"yoast_head":"\nIntel oneAPI Gromacs Software - RITME<\/title>\n<meta name=\"description\" content=\"Die Software GROMACS, die mit Intel oneAPI entwickelt und optimiert wurde, erm\u00f6glicht Fortschritte bei der Entwicklung von Medikamenten.\" \/>\n<meta name=\"robots\" content=\"index, follow, max-snippet:-1, max-image-preview:large, max-video-preview:-1\" \/>\n<link rel=\"canonical\" href=\"https:\/\/ritme.com\/de\/intel-oneapi-gromacs-2022\/\" \/>\n<meta property=\"og:locale\" content=\"de_DE\" \/>\n<meta property=\"og:type\" content=\"article\" \/>\n<meta property=\"og:title\" content=\"Intel oneAPI Gromacs Software - 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