{"id":16658,"date":"2020-08-24T13:16:00","date_gmt":"2020-08-24T11:16:00","guid":{"rendered":"https:\/\/ritme.com\/le-serc-et-intel-forment-le-premier-centre-dexcellence-universitaire-oneapi\/"},"modified":"2021-06-24T22:39:19","modified_gmt":"2021-06-24T20:39:19","slug":"serc-und-intel-grunden-das-erste-oneapi-university-centre-of-excellence","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ritme.com\/de\/serc-und-intel-grunden-das-erste-oneapi-university-centre-of-excellence\/","title":{"rendered":"SeRC und Intel gr\u00fcnden das erste OneAPI University Centre of Excellence"},"content":{"rendered":"\n

Zur Er\u00f6ffnung der diese Woche stattfindenden ISC High Performance Conference<\/a> gibt das Swedish Centre for e-Science Research<\/a> (SeRC) bekannt, dass es das erste OneAPI University Centre of Excellence (COE) von Intel ist. Das Zentrum wird das heterogene Programmiermodell OneAPI nutzen, um die Berechnungen f\u00fcr die mit GROMACS<\/a> durchgef\u00fchrten Forschungen zu beschleunigen und so L\u00f6sungen f\u00fcr einige der weltweit gr\u00f6\u00dften Herausforderungen der Biowissenschaften voranzutreiben. Im Rahmen dieser Forschung werden massive HPC-Simulationen eingesetzt, die CPUs und GPUs verschiedener Hersteller (Intel, Nvidia, AMD) nutzen, um neue Effizienz- und Leistungsniveaus zu erreichen.<\/p>><\/p>\n\n\n\n

GROMACS ist eine Molekulardynamik-Software, die von Forschern auf der ganzen Welt genutzt wird, und einer der Flaggschiff-Codes, die vom SeRC entwickelt wurden. Es wird zur Simulation gro\u00dfer Biomolek\u00fcle verwendet und erm\u00f6glicht die Untersuchung der Funktionsweise von Molek\u00fclen wie Proteinen und Lipiden auf atomarer Ebene, z. B. bei der Bindung anderer Molek\u00fcle oder zur Entwicklung neuer Medikamente, die z. B. auf COVID-19 abzielen. Die Simulation, gekoppelt mit Full-Scale-Computing, gibt Wissenschaftlern einen beispiellosen Einblick in biologische, molekulare Mechanismen und bietet ein digitales Mikroskop, mit dem sie Simulationsszenarien untersuchen k\u00f6nnen, die in einem traditionellen Labor nur schwer oder gar nicht getestet werden k\u00f6nnen. Viele biologische Prozesse, die mit Molekulardynamik (MD) untersucht werden, bewegen sich auf der Mikrosekundenskala. Die Zeitintervalle der Molekulardynamik betragen etwa eine Femtosekunde, es werden also etwa 10^9 Simulationsintervalle ben\u00f6tigt. Um eine Simulation in etwa einer Woche abzuschlie\u00dfen, muss jeder Simulationsschritt in weniger als einer Millisekunde berechnet werden. Dies ist nur mit einer sehr effizienten Kommunikation zwischen CPU und GPUs im Zusammenspiel m\u00f6glich.<\/p><\/p>\n\n\n\n

Um dies zu erreichen, arbeiten die Forscher des SeRC, der KTH und der SU eng mit vielen akademischen Gruppen und Lehrkr\u00e4ften auf der ganzen Welt sowie mit Ingenieuren von Intel an Software-Optimierungen f\u00fcr OneAPI.<\/p>\n\n\n\n

Erik Lindahl, Professor f\u00fcr Biophysik an der KTH & SU,„F\u00fcr uns ist es au\u00dferordentlich wichtig, dass GROMACS in der Lage ist, alle schnellsten Supercomputer der Welt effektiv zu nutzen, und die kommenden Exascale-Maschinen, die von OneAPI angetrieben werden, werden es m\u00f6glich machen, Prozesse zu simulieren, die wir uns vor ein paar Jahren noch nicht einmal vorstellen konnten, wie z. B. wie ein Virus an Proteine in einer Zelle bindet und sie infiziert“<\/em>.<\/p>\n\n\n\n

Als OneAPI Center of Excellence wird das SeRC den Weg zur Innovation \u00fcber den akademischen Bereich und die Industrie anf\u00fchren, indem es Forschung betreibt, \u00fcberzeugende Anwendungen und L\u00f6sungen auf Basis der OneAPI-Technologie entwickelt und die Lehre der wichtigsten Ergebnisse \u00fcber mehrere Jahre leitet.  „Die Zukunft der Hardware ist heterogen, was es unabdingbar macht, sich in Richtung offener und leistungsf\u00e4higer portabler APIs zu bewegen, und wir sind besonders erfreut \u00fcber die Art und Weise, wie das \u00d6kosystem von Anfang an eng in die Entwicklung und das Vorantreiben der OneAPI eingebunden war“<\/em>, sagt Lindahl.<\/p>\n\n\n\n

Die Ergebnisse und Best Practices in der Softwareentwicklung werden mit der breiteren akademischen Gemeinschaft und durch Intels akademische Engagements mit Top-Bildungseinrichtungen weltweit geteilt. Die Intel Corporation hat diese Bem\u00fchungen unterst\u00fctzt.<\/p><\/p>\n\n\n\n

„Die laufende GROMACS-Forschung der Universit\u00e4t Stockholm\/KTH verspricht neue Durchbr\u00fcche in der biomolekularen Forschung, die das Leben von Menschen auf der ganzen Welt bereichern und verbessern werden. Die Zusammenarbeit mit OneAPI bei diesem Vorhaben wird es Entwicklern und Forschern erm\u00f6glichen, die Leistung verschiedener Rechnerarchitekturen mit einem einheitlichen, offenen Programmiermodell effizient zu nutzen“<\/em>, sagte Jeff McVeigh, Intels Vice President f\u00fcr XPU Datacenter Products and Solutions.<\/p>\n\n\n\n

Quelle: e-science.se<\/a><\/em>
\u00dcbersetzung: ritme.com<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Zur Er\u00f6ffnung der ISC High Performance Konferenz in dieser Woche freut sich das Swedish e-Science Research Centre (SeRC), dass es das erste OneAPI University Centre of Excellence (COE) von Intel ist. Das Zentrum wird das heterogene Programmiermodell OneAPI nutzen, um die Berechnungen f\u00fcr die mit GROMACS durchgef\u00fchrte Forschung zu beschleunigen und so L\u00f6sungen f\u00fcr einige der weltweit gr\u00f6\u00dften Herausforderungen der Lebenswissenschaften voranzutreiben. 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